La Biblioteca a Pisa ha tre sedi in alcuni edifici storici in Piazza dei Cavalieri (il Palazzo dell'Orologio, un'ala del Palazzo della Carovana e il Palazzo della Canonica) o nelle sue immediate vicinanze (il Palazzo del Capitano).
A Firenze è ospitata una sezione della collezione a supporto della Classe di Scienze politico-sociali, a Palazzo Strozzi.